İstifaya götüren 2 neden

 Genelkurmay, YAŞ toplantısında Org. Saldıray Berk’in Kara Kuvvetleri Komutanlığı’na, Org. Aslan Güner’in de Jandarma Genel Komutanlığı’na getirilmesi için ısrar etti. Hükümet her iki talebi de olumsuz karşıladı, bu atamalara imza atmayacağını belirtti. 4 gündür yürütülen görüşmelerde bir uzlaşma sağlanamayınca istifalar geldi.
Berk sanık
Erzurum Özel Yetkili Cumhuriyet Savcılığı tarafından Erzincan’daki “Ergenekon soruşturması” kapsamında hazırlanan iddianamede, Saldıray Berk bir nolu sanık olarak yer almışı. Berk ile ilgili iddianamede, “Elindeki tüm yetkilileri mensubu bulunduğu terör örgütünün illegal amaçları doğrultusunda kullanmaktan çekinmemesi, bilakis bu konuda diğer şüphelilerin mevki olarak diğer şüphelilerin üzerinde bulunması durumunu da kullanarak onlar üzerinde etkinlik sağlaması” suçlamaları yer almıştı. 30 Ağustos 2007’de orgeneralliğe terfi ederek 3. Ordu Komutanlığı görevine getirilen Berk. 2010 YAŞ kararları ile hükümetin veto etmesiyle Ordu Komutanlığından tenzili rütbe sayılan E.D.O.K. (Eğitim ve Doktrin Komutanlığı)’na getirilmişti. Berk hakkında bazı yayın organlarında ilginç suçlamalarda bulunulmuştu. Berk’e ait olduğu iddia edilen bir ses kaydında: “Bizim görevimiz karakol savunmak değil, Türkiye bir kaosa sürükleniyor” dediği iddia edilmişti.
Telekulak krizi
Napoli/İtalya’da Güney Avrupa Müttefik Kuvvetleri Komutanlığı (Afsouth) Plan Prensipler Başkanlığında Karargâh Subaylığı yapan Orgeneral Güner, 30 Ağustos 2009 tarihinden geçerli olarak Genelkurmay İkinci Başkanlığı’na getirilmişti Bazı basın organlarında yer alan iddialara göre Güner’in, Korgeneral rütbesiyle 2007’de İstihbarat Başkanlığı görevini yürüttüğü sırada, “PKK’lıları dinleyeceğiz” gerekçesiyle İsrail’den alınan sistemle, kamuoyunun yakından tanıdığı isimler dinlettiği iddia edilmişti.